Dobrze, że nakreśliła Pani sprawę. Jeśli aneks jest wynikiem pisma z prośbą o podwyżkę, to zrobiłabym tak: pismo od behapowca zarejestrowałabym pod nowym numerem. Odpowiedzią na to pismo jest aneks do umowy. Oczywiście umowa to część akt sprawy, więc nr sprawy powinien się na niej znaleźć (podobnie jak np. na zarządzeniach kierownika jednostki itp.).
Inaczej sprawa się ma, jeśli wszystkie umowy wpisujecie do rejestru umów. U nas mamy taki sztuczny twór, w którym gromadzimy wszystkie umowy zawarte przez jednostkę. Na każdą umowę nanosi się pieczątkę z indywidualnym numerem w ciągu roku, np. 234/2021. Aneksy, zawierane nawet po kilku latach, podpinane są do umowy pierwotnej i otrzymują też taki sam numer. Wyróżnia je data wpisu do rejestru.